Группа была образована в феврале 1999 года, когда Мидзуно Ёсики и Ямасита Хотака, которые учились в колледже Ацуги, начали выступать на улицах, назвав свой музыкальный коллектив Ikimono-gakari, что переводится как «заботящиеся о школьных зверушках». В декабре 1999 года к ним присоединилась Ёсиока Киёэ — младшая сестра одного из их одноклассников, занявшая место вокалистки.
В 2000 году в связи с осложнениями в учебном процессе, которые возникли из-за музыкальной деятельности, группа взяла перерыв. В 2003 году Ikimono-gakari дебютировали на независимом лейбле Thunder Snake. В июле того же года группа отыграла свой первый концерт в Atsugi Thunder Snake, благодаря средствам от которого они смогли выпустить первый мини-альбом Makoto ni Sen’etsu nagara First Album wo Koshiraemashita…
Их популярность заметно выросла с выпуском второго инди-альбома тиражом более тысячи копий. В мае 2005 года благодаря записи второго мини-альбома и DVD-записи концерта они смогли привлечь внимание Sony Music. После того, как группа начала записываться Epic Records Japan, они приняли участие в Atsugi Kanagawa Music Festival
В мае 2006 года группа выпустила свой первый сингл — Sakura, который продержался в чарте Oricon в течение 16 недель. После этого группа отыграла бесплатный концерт в Atsugi to и выпустила второй сингл HANABI, который также сопровождался бесплатным концертом. Сингл HANABI смог занять пятую позицию в чарте.
В марте 2007 года Ikimono-gakari выпустили свой первый альбом, который занял 78-ю позицию в списке бестселлеров года, занял 4-е место в итоговом чарте Oricon. Группа выехала во второй тур, отыграв концерты на 11 площадках. В том же году группа выпустила свой первый клип.
В 2008 году группа выпустила второй альбом.