Ученик старшей школы, Эмия Сиро, становится невольным участником так называемой «Войны Святого Грааля», время от времени проходящей в японском городе Фуюки. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом — Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и, таким образом, изменит его судьбу. Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу — одну из великих героических душ прошлого или будущего — сражающегося на стороне своего хозяина. Есть семь слуг, все они принадлежат к разным боевым классам: мечник, «Сэйбер» , лучник, «Арчер» , копейщик, «Лансер» , всадник, «Райдер» , «Берсеркер» , убийца, «Ассассин» и заклинатель, «Кастер» . Битва ведётся до тех пор, пока не останется одна пара мастера и слуги. Эмия Сиро против собственной воли призывает мечницу, поставившую себе цель добраться до Грааля любым путём. Однако, он не желает участвовать в битве. Эмие начинает помогать Тосака Рин — сильный маг, которая учится в той же школе, что и Сиро. Но правила войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой, а наиболее возможный исход для проигравшего — смерть.

ученик второго класса старшей школы города Фуюки. Потерял своих родителей в прошлой Войне Грааля, проходившей в городе 10 лет назад. Его приёмный отец — Эмия Кирицугу — был магом и участвовал в войне как мастер. Он стал для юного Сиро примером для подражания, так как стремился помогать всем людям, используя свои способности. При этом Кирицугу не решился обучить Сиро каким-либо заклинаниям, за исключением единственного приёма. После смерти отца, за Сиро стала присматривать Фудзимура Тайга — внучка старого друга Кирицугу и учительница в школе. Став участником очередной войны за Святой Грааль, Эмия не желает сражаться с кем бы то ни было, однако, он узнает, что осиротившая его катастрофа является следствие Войны. Если артефакт попадёт в руки безумца, катастрофа может повториться вновь.

девушка из параллельного класса Сиро. Представительница потомственной династии магов, основателей Войны Грааля. Рин решительно настроена на участие в войне и готовится призвать Сэйбер, но призывает вместо неё Арчера, что путает все её планы. Сперва, встретив Сиро, видит в нём врага, но со временем, становится его надёжной союзницей и другом.

близкая подруга Сиро, заботившаяся о нём последние полтора года до описываемых событий, первоначально была приставлена к Сиро своим дедом в качестве наблюдателя. Представители династии Макири были сильными магами, но со временем их род утерял способности к магии, то есть магические навыки Сакуры подавлены. Очень любит Сиро, но боится ему в этом признаться. Сакура стала жертвой жестоких магических экспериментов своего деда, Мато Зокена. Из-за них она стала вместилищем для Ангры-Майнью, слуги Грааля и представителя восьмого класса, который невозможно призвать обычным образом. Рин Тосака и Мато Сакура — родные сестры, разлученные в детстве.