Переживая потерю любимого, Баффи полностью посвящает себя истреблению нечисти. Каково же её удивление, когда в городе появляется ещё одна Истребительница по имени Фейт (Элиза Душку). Девушка быстро стала своей в компании, но вскоре Баффи понимает, что для Фейт границ между убийством вампира и человека не существует. У зловещего мэра Уилкинса III (Гарри Грунер) есть свои планы насчёт выпуска 1999 года. Он желает покорить мир и переродиться в могущественного демона. В это время из ада возвращается Ангел, который по своему душевному состоянию похож на зверя, который не в состоянии даже разговаривать. Позже Баффи помогает ему обрести себя и они продолжают свой незаконченный роман. Убив человека Фейт переходит на сторону зловещего мэра и работает против Баффи, которая даже и не подозревает об этом. Джайлз не проходит экзамен наблюдателей (он слишком хорошо относится к Баффи) и в Саннидейл присылают нового наставника для Баффи и Фейт. Грядет восхождение мэра, которому помогает Фэйт. Ангел понимает, что у них с Баффи нет будущего, и сразу после победы над злобным мэром покидает Саннидейл и уезжает в Лос-Анджелес.

Баффи с друзьями поступает в колледж. Ксандер увлечён романом с Аней (Эмма Колфилд), которая в прошлом была демоном возмездия Аньянкой. Баффи же знакомится с очаровательным старшекурсником Райли Финном (Марк Блукас), работающим, как позже выясняется, на некую организацию под названием «Инициатива», цель которой — уничтожение демонов и другой нечисти. Подруга Баффи, Уиллоу (Элисон Ханниган), переживает тяжёлые времена, когда её возлюбленный Оз покидает город… Позже она, сблизившись со второкурсницей Тарой Маклей (Эмбер Бенсон), становится лесбиянкой. Баффи признается Райли в том, что она Истребительница, и он знакомит её со своим начальством, которое, правда, пытается её убить. После этого Райли переходит на сторону Баффи и её друзей, и они вместе одолевают Адама — «творение» Профессора Уолш, который начинает преследовать Райли. В конце друзья решают все свои противоречия и с блеском выдерживают решающую битву.

Немаловажную роль играет и появление в Саннидейле Спайка (Джеймс Марстерс), которому «Инициатива» вставила чип, не позволяющий ему причинять вред кому-либо. Поначалу Спайк ведёт двойную игру в надежде на то, что Адам поможет ему избавиться от чипа, но в конце он встает на сторону друзей.

Баффи понимает, что она должна больше узнать о природе Истребительниц. Однако, ей трудно сосредоточиться на своей подготовке, когда вокруг всё время крутится её младшая сестра Дон (Мишель Трахтенберг). В Саннидейле появляется некая богиня Глори, ищущая таинственный «Ключ». Этим самым «Ключом» и оказывается Дон — её создали монахи, чтобы Глори («Зверь») не смогла открыть врата между измерениями и вернуться в свой мир. Уиллоу проводит всё время с Тарой (Эмбер Бенсон) — молодой колдуньей, к которой она не равнодушна. Вскоре для Баффи настают тяжёлые времена — умирает её мать Джойс, а Райли уезжает из города. Плюс ко всему — в неё, кажется, влюблён Спайк…

В конце — Врата все же открываются, и Баффи приходится пожертвовать своей жизнью вместо сестры, чтобы закрыть их.

Друзья Баффи тяжело переживают смерть Истребительницы. Они почти не могут справиться с нахлынувшим потоком демонов и вампиров. Тогда они решают воскресить подругу. Но ожившая Баффи не кажется по-настоящему счастливой. Поначалу она говорит друзьям, что рада, что её вытащили из Ада, но вскоре правда о том, что друзья вернули Истребительницу из Рая, открывается. Дон становится клептоманкой, а Уиллоу не может справиться со своей зависимостью от магии. Но она берет себя в руки и держится какое-то время.

Ксандер, собиравшийся жениться на Ане, меняет свое решение в день свадьбы, внезапно осознав, что он не сможет сделать свою возлюбленную счастливой. На Баффи же сваливается множество бытовых проблем, и она «забывается» в объятиях Спайка… А тут ещё в город приезжают три бывших неудачника, а ныне суперзлодеи, как они сами себя называют… И один из них стреляет в Баффи, но попадает в Тару, и Уиллоу убивает его, а затем хочет уничтожить весь мир. Её останавливает Ксандер, а Баффи, наконец, решает все свои проблемы с Дон. После попытки Спайка изнасиловать Баффи, он понимает, что не достоин её и уезжает для того чтобы стать прежним. После смертельных испытаний ему всё же возвращают душу.

В Саннидэйле строят новую школу на месте сгоревшей, в которую отправляется Дон на учёбу и куда новый директор берет Баффи на работу — консультантом для «проблемных» подростков.

Возвращается Спайк, который находится в «нестабильном» состоянии — после возвращения души у него галлюцинации, он бредит. Баффи узнает, что он вернулся, и пытается его «привести в чувство», на некоторое время это ей удается. Она ещё не знает, что у него есть душа. Когда правда открывается, то она шокирована.

Начинают ходить непонятные слухи о том, что приближается что-то сильное и темное. По всему миру слуги Зла — Предвестники охотятся на потенциальных истребительниц — девушек, которые могут быть призваны на роль истребительницы в случае гибели существующей. Уиллоу возвращается из Англии, где проходила реабилитацию у Джайлза — до неё тоже доходят слухи о приближении чего-то злого. Со временем с каждым из героев начинают общаться мертвые знакомые, они вводят их в заблуждение и пытаются ослабить. Все упираются, и в итоге становится ясным, что это что-то пытается играть со всеми.

Особое место во всем происходящем занимает Спайк — на него Зло возымело наибольшее влияние, по ночам он выходит на охоту и начинает убивать. Чип в это время не действует, а сам он ничего не помнит из содеянного. Когда правда открывается, Уильям Кровавый просит Баффи убить его, но она этого не делает и пытается помочь.

Чип ломается и Баффи со Спайком отправляются в старую «Инициативу», где военные удаляют его из головы у Спайка. В Англии происходит некая цепочка событий. Совет Наблюдателей узнает, что пробудился их главный враг — Изначальное Зло, и пытается принять меры, но бомба, заложенная в здании Совета, всех уничтожает.

Джайлз, узнав, что ждет мир, начинает собирать потенциальных истребительниц.

Он приезжает с ними в Саннидэйл. Уиллоу влюбляется в одну из потенциалок — Кеннеди, и у них начинается роман. Директор школы оказывается охотником на демонов, а также сыном истребительницы, которую убил Спайк в Бруклине. Он пытается свести счёты с вампиром, и Джайлз ему помогает, но Спайк побеждает его. Баффи запрещает ему вендетту с Уильямом. Возвращается Фэйт, которая хочет помочь Баффи. Её принимают, но со временем это приводит к тому, что потенциалки хотят подчиняться ей, а не Баффи, после чего вторую выгоняют. Но Спайк возвращает Баффи веру в себя.

В городе появляется Калеб — глава жрецов зла. У него есть Коса — мощное оружие для борьбы со Злом, но она находится в камне, из которого её может вынуть лишь истребительница. Баффи это делает и забирает Косу. Баффи дерется с Калебом, тот её избивает и пытается убить, но появляется Ангел, который помогает ей. Калеба убивают, Ангел дает Баффи амулет, который предназначен вампиру с душой. Идет некоторое выяснение отношений, после чего Ангел уезжает — готовить резервный фронт для борьбы со Злом.

Уиллоу — при помощи Косы и мощного заклинания — всех потенциальных истребительниц делает действующими истребительницами. Все истребительницы вступают спускаются в Адскую Пасть и начинается битва. Бой идёт с переменным успехом: многие сверхвампиры убиты, но Баффи тяжело ранена, а многие истребительницы погибли. Часть сверхвампиров прорываются наверх, где их пытаются остановить друзья Баффи. Предвестники также нападают на них и убивают Аню. У Спайка начинает действовать амулет, проецируя солнечный свет, который убивает воинов армии Зла и самого Спайка, а пещера начинает рушиться — все начинают спасаться бегством. Перед этим Баффи говорит Спайку, что любит его.

Все сбегают из Саннидэйла на школьном автобусе. Действие амулета приводит к тому, что на месте города остается большая впадина. Адская Пасть уничтожена.