Третий сезон, премьера которого состоялась 22 сентября 2008 года, состоит из 25 серий. Сезон включает в себя третий и четвертый тома, названный «Злодеи» и «Беглецы», соответственно. На протяжении третьего тома мы наблюдаем, как Сайлар обретает новые способности вместо утраченных ранее. Сюжет «Злодеев» начинается с покушения на Нейтана Петрелли, и его последствий в будущем. Помимо этого, несколько заключенных сбежали с 5 уровня и «Компания» делает все возможное, чтобы вернуть их обратно. Благодаря способности Адама Монро исцеляется Артур Петрелли. Он начинает собирать вокруг себя злодеев (Флинт Гордон мл., Нокс, Дафна Милбрук), которые заманивают в его сети Мохиндера Суреша, Нейтана Петрелли, Трейси Штраусс, Эль Бишоп и Сайлара. Они разрабатывают формулу, которая позволит каждому человеку на Земле обладать сверхспособностями. Но вскоре выясняется, что без «катализатора», находящегося в теле одного человека, все это не работает.

«Беглецы» начинаются с того, что Нейтан Петрелли сообщает президенту о существовании людей, обладающих невероятными способностями. Президент дает добро на поимку сверхлюдей. Большинство захвачено, но Сайлар, занятый поисками своего биологического отца, не позволяет агентам Нейтана схватить его. «Героям» помогает некто Бунтарь (англ. Rebel), как выясняется позже это Майк Сандерс.

Сезон 4

Четвёртый сезон, включающий том «Искупление» , стартовал 21 сентября 2009 года и содержит в себе 19 серий. В нем появляется труппа артистов бродячего цирка, возглавляемая Сэмюэлем Салливаном. Каждый член труппы (называющей себя семьей) обладает особыми способностями, Сэмюэль же одержим идеей расширить семью, тем самым увеличивая мощь собственной способности. Обманом, шантажом и множеством других приемов он вовлекает в семью все новых членов, в числе которых оказываются Хиро Накамура, Клэр Беннет и Сайлар (впоследствии они по разным причинам выходят из семьи). Сэмюэль хочет построить новый мир для своей семьи, мир, в котором люди со способностями смогут жить, не таясь от всех прочих людей. Он зовет туда свою старую подругу, но получив отказ, загорается идеей отмщения. Он хочет устроить в центре Нью-Йорка грандиозное шоу, а затем уничтожить весь город, чтобы «заставить воспринимать себя серьезно».

После того как Сайлар убил Нэйтана, Мэтт Паркмен «перезагрузил» его память, внедрив в его голову сознание Нейтана. В голове убийцы начинается противостояние двух личностей — Сайлара и Нейтана, — один из них хочет убить всю семью Петрелли, другой же хочет их спасти. Страдая «раздвоением личности», Сайлар-Нейтан постепенно сходит с ума. Наконец, сознание Сайлара берет верх, но он уже не тот, что был раньше: он хочет стать хорошим человеком, сожалеет о своих поступках. Он обращается за помощью к Паркмену, но тот ловит его в западню: погружает в летаргический сон, запирая внутри сознания. Позже туда попадает и Питер Петрелли, где они с Сайларом заключают перемирие и вырываются из «ловушки ума» Паркмена.

Хиро узнает, что у него опухоль мозга и начинает путешествовать во времени, чтобы исправить ошибки своей жизни прежде, чем умрет. Но каждый его шаг, каждое изменение прошлого приводит к новым проблемам в будущем. В конце концов из-за слишком частых скачков в пространстве и времени он впадает в кому и видит сон: он находится в суде, где обсуждается его жизнь. Его старые враги - обвинители, друзья защищают его, а его отец - судья. Они приходят к выводу, что Хиро был слишком самовлюбленным и эгоистичным и за это заслуживает смерти. В последний момент, когда он уже идет по дороге света, он встречает свою мать, которая говорит ему, что он хороший человек и исцеляет его. Хиро выходит из комы и вскоре выздоравливает.

Питер и Сайлар, Клэр и Ной Беннеты, Хиро и Андо — все они объединяются для противостояния Сэмюэлю, они хотят помешать ему уничтожить Нью-Йорк. Они рассказывают семье Сэмюэля всю правду о нем — как он убил своего брата, чтобы стать главным, как он предает и шантажирует всех лишь для обретения все большей власти. В конце концов, семья покидает Сэмюэля; он ослаблен и повержен.

Сезон заканчивается тем, что Клэр Беннет на глазах десятков видеокамер журналистов прыгает с высоты, ломает кости и регенерирует: ей надоело постоянно прятаться, она хочет, чтобы мир узнал о таких, как она.